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板藍根水提取物的化學成分進行研究，已分離鑒定73個化合物。

1.有機酸類化合物吡啶三羧酸(3-pyridinecarboxylicacid)，順丁烯二酸(maleficacid)，2-羥基-1,4-苯二甲酸(2-hydroxy-1,4-benzenedicarboxylicacid)和羥甲基糠酸(5-ydroxymethylfuroicacid)。

2.生物堿類化合物吲哚類生物堿2,5-羥基吲哚(2,5-dihydroxy-indole)，2,3-二氫-4-羥基-2-氧-吲哚-3-乙腈(2,3-dihydro-4-hvdroxv-2-oxo-indole-3-acetonitrile)，hydroxyindirubin，吲哚-3-乙腈-6-O-β-D-葡萄糖苷(indole-3-acetonitrile-6-O-β-D-glucopyranoside)，isaidigodione和(E)-二氧羥芐吲哚酮[（E）-(3，5-dimethoxy-4-hydroxy,benzylidene)-2-indolinone]；喹唑類生物堿3-(2-hydroxyphenyl)-4-(3H)-quinazolinone和isaindigotonet；其他類型生物堿依靛藍雙酮(isaindinotidione)。

3.微量元素K，Ca，Mg，Zn，F(xiàn)e，Cu，Mn，Pb，Hg，Ce,Co,Ni,Cd和As其中Ca,Mn,Zn,Fe含量較為豐富。

4.其他化學成分板藍根提取分離出的成分還含(+)異落葉松樹脂醇[(+)isolariciresinol]、2-羥基-3-丁烯基-硫氰酸酯(2-hydroxy-3-butenyl-thiocyanato)、1-硫氰酸-2-羥基-3-丁烯(1-thiocyanato-2-hydroxy-3-butene)、5羥甲基糖醛(5-hydroxymethylfuraldehyde)和正丁基-β-D-吡喃型果糖(n-butyl-β-D-fructopyronosiole)。

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